Een zelf-organiserend systeem komt vaak aanzetten met hiërarchie. Subsystemen maken deel uit van systemen die zelf weer als subsystemen een onderdeel vormen van nog grotere systemen. Subsystemen verminderen de hoeveelheid informatie die elk deel van het systeem nodig heeft. In hiërarchische systemen zijn de relaties bínnen elk subsysteem dichter en sterker dan de relaties tússen subsystemen. Het systeem werkt aldus efficiënt èn veerkrachtig.

Subsystemen kunnen soms teveel op eigen houtje functioneren. Als hiërarchieën kapot gaan, splitsen ze zich gewoonlijk langs de lijnen van hun subsystemen. Zie de afleveringen 16 en 17 van het artikel ‘De werking van systemen’ in de rubriek Complexiteit. Zie ook componenten van een systeem en grenzen van systemen.